Bağırsak florası için en uygun probiyotik, kişinin şikâyetine göre değişir. Saccharomyces boulardii özellikle ishal ve antibiyotik sonrası dönemde tercih edilirken, Lactobacillus ve Bifidobacterium türleri kabızlık ve genel sindirim desteğinde öne çıkar.