JRA/JIA prognozu tek bir cümleyle özetlenmez; alt tipe, başlangıçtaki hastalık aktivitesine, kaç eklemin etkilendiğine, erken tedaviye ve tedaviye yanıta göre değişir. Erken tanı ve hedefe yönelik tedavi ile birçok çocukta hastalık aktivitesi kontrol altına alınabilir ve fonksiyon korunabilir. Ancak bazı alt tiplerde (özellikle çoklu eklem tutulumu veya sistemik bulgular) daha agresif bir seyir görülebilir. Uzun dönemde eklem hareket kısıtlılığı, büyüme etkilenmesi, göz tutulumu (üveit) ve nadiren bazı organ etkilenmeleri gibi riskler izlenmelidir. Prognozu iyileştiren en kritik unsur, “treat-to-target” mantığında düzenli takip ve gerektiğinde tedavi optimizasyonudur. Amaç; alevlenmeleri azaltmak, büyüme-gelişimi korumak ve çocuğun okul/sosyal yaşamını sürdürülebilir biçimde desteklemektir.