Saccharomyces boulardii en çok ishal, antibiyotik sonrası bağırsak bozulmaları ve bağırsak florası dengesizliklerinde kullanılır. Zararlı mikroorganizmaların bağırsakta tutunmasını zorlaştırır ve bağırsağın savunma mekanizmalarını destekler. Ayrıca bazı çalışmalarda gaz, şişkinlik ve sindirim düzensizliklerinin azalmasına katkı sağladığı gösterilmiştir.