Gen tedavisinin en önemli risklerinden biri bağışıklık sistemi reaksiyonlarıdır. Tedavide kullanılan viral taşıyıcılara karşı bağışıklık sistemi yanıt verebilir ve bazı hastalarda ciddi reaksiyonlar oluşabilir. Ayrıca hedef dışı gen değişiklikleri, tedavi başarısızlığı veya uzun dönem güvenlilik sorunları da araştırılan konular arasındadır. Son yıllarda geliştirilen yeni teknolojiler sayesinde bu riskleri azaltmaya yönelik önemli ilerlemeler sağlanmıştır.