GLP-1 ilaçlarının en sık görülen yan etkileri mide bulantısı, kusma, şişkinlik ve sindirim problemleridir. Özellikle tedavinin ilk dönemlerinde mide-bağırsak sistemi üzerinde yoğun etki görülebilir. Bazı kullanıcılar iştah kaybının aşırı seviyeye ulaştığını ifade etmektedir. Uzmanlar ayrıca pankreas, safra kesesi ve kas kaybı gibi konuların uzun vadeli olarak takip edilmesi gerektiğini belirtmektedir.