Probiyotik içeren besinler çoğunlukla **fermente** gıdalardır: canlı kültürlü yoğurt, kefir, bazı fermente peynirler, pastörize edilmemiş uygun fermente turşular ve geleneksel fermente içecekler. Ancak burada iki kritik nokta var: (1) Her fermente gıda probiyotik sayılmaz; “probiyotik” için belirli canlı mikroorganizmanın yeterli miktarda alınması gerekir. (2) Market ürünlerinde pastörizasyon/ısı işlemi canlılığı azaltabilir; etikette “canlı kültür” ifadesi ve saklama koşulları önemlidir. Doğal kaynaklar düzenli tüketildiğinde sindirim toleransını destekleyebilir; fakat klinik çalışmalarda kullanılan “suş + doz” standardı gıdalarda her zaman yakalanmaz. Bu nedenle besinleri “günlük temel destek”, kapsülleri ise “hedefli klinik deneme” gibi konumlandırmak daha doğru olur. Ayrıca probiyotiği besleyen asıl unsur prebiyotiktir: soğan-sarımsak, pırasa, kuşkonmaz, baklagil, yulaf, tam tahıl ve dirençli nişasta içeren gıdalar iyi bakterilerin çoğalmasına zemin hazırlar.