Günlük probiyotik kullanımı bazı kişilerde iyi tolere edilir; bazı kişilerde ise özellikle ilk günlerde gaz/şişkinlik artışı yapabilir. Bu artış çoğu zaman geçicidir ve mikrobiyomun yeni gelen mikroorganizmalara adaptasyonuyla ilişkilendirilir. Ancak “her gün” kullanmanın mutlaka daha iyi olduğu anlamına gelmez. Probiyotikler genellikle kolonize olmaktan çok “geçici misafir” gibi davranır; etkisi, kullandığınız süre boyunca görülebilir. Bu yüzden bilimsel yaklaşım; hedef belirlemek ve süreyi planlamaktır: örneğin antibiyotik döneminde ve sonrasında belirli süre; IBS’de 4–8 hafta deneme; kabızlıkta yanıt alınıyorsa kontrollü devam. Eğer belirgin fayda yoksa sürekli kullanım yerine suş değişikliği veya bırakma daha rasyoneldir. Güvenlik açısından: bağışıklığı baskılanmış bireyler, yoğun bakım hastaları, santral kateteri olanlar gibi risk gruplarında günlük probiyotik rastgele önerilmez. Ayrıca “probiyotik alıyorum, o zaman beslenme önemli değil” düşüncesi yanlıştır; en büyük etki hâlâ lif, çeşitlilik ve şeker sıklığının azaltılmasından gelir.