İlerlemiş veya uzun süredir kontrolsüz reflüde belirtiler daha dirençli ve “komplikasyon” odaklı olabilir. Sürekli/şiddetli yanma, gece uykudan uyandıran yakınmalar, yutma güçlüğü (disfaji), yutarken ağrı, boğazda takılma hissi, kronik öksürük, ses kısıklığı ve tekrarlayan boğaz enfeksiyonları görülebilir. Bazı kişilerde uzun vadede yemek borusunda darlık gelişebilir; bu da katı gıdaların takılmasıyla kendini gösterebilir. Ayrıca demir eksikliği anemisi, açıklanamayan kilo kaybı, kanama bulguları (siyah dışkı, kanlı kusma) alarm işaretleridir. Bu aşamada “ev yöntemi” ile zaman kaybetmek yerine endoskopi ve hekim planı ile tanıyı netleştirmek, riskleri düşürür ve doğru tedaviyi hızlandırır.