Kara mürver ürünleri çoğu sağlıklı bireyde kısa süreli kullanımda iyi tolere edilir; yine de yan etki olasılığı vardır. En sık bildirilenler sindirim sistemiyle ilgilidir: mide bulantısı, karın rahatsızlığı, ishal veya gaz. Bu etkiler bazen ürünün kendisinden çok, şurup formundaki şeker/şeker alkolleri, aroma vericiler veya kombine içeriklerden kaynaklanabilir. Alerjik reaksiyonlar (kaşıntı, döküntü, boğazda gıcık, nadiren nefes darlığı) özellikle alerji yatkınlığı olanlarda görülebilir. Önemli bir güvenlik başlığı “çiğ/işlenmemiş” kara mürver tüketimidir: olgunlaşmamış meyve, yaprak ve kabuk gibi kısımlarda istenmeyen bileşenler bulunabildiği için çiğ kullanım mide-bağırsak şikâyetlerini artırabilir; bu nedenle standart ürünler tercih edilir. Kronik hastalığı olanlarda veya düzenli ilaç kullananlarda yan etki/etkileşim riski kişiye göre değişir; özellikle bağışıklık sistemiyle ilişkili durumlarda (otoimmün hastalıklar, immünsüpresyon) hekime danışmak gerekir. Yan etki yaşanırsa ürün kesilmeli, şikâyet şiddetliyse tıbbi değerlendirme yapılmalıdır. Özet: Doz aşımı yapmamak, kısa süreli kullanmak, ham/ev yapımı kontrolsüz kullanımdan kaçınmak ve risk gruplarında profesyonel görüş almak yan etki riskini azaltır.