Probiyotikler çoğu sağlıklı bireyde güvenli kabul edilse de bazı gruplarda dikkat gerekir. Bağışıklık sistemi baskılanmış hastalar (ör. kemoterapi alanlar, ileri immünsüpresyon), yoğun bakım hastaları, santral venöz kateteri olanlar, ciddi kalp kapak hastalığı veya aktif endokardit riski olanlar, kısa bağırsak sendromu gibi ciddi bağırsak bariyeri sorunları bulunanlar probiyotiği rastgele kullanmamalıdır. Bu gruplarda nadir de olsa mikrobiyal geçiş ve enfeksiyon komplikasyonları bildirilmiştir; karar hekimle verilmelidir. Prematüre bebeklerde ve ağır kronik hastalığı olanlarda da ürün seçimi/protokol önemlidir. Ayrıca ciddi pankreatit gibi özel klinik durumlarda probiyotik yaklaşımı tartışmalı olabilir. Sağlıklı bireylerde ise en sık yan etki hafif gaz/şişkinliktir; bu durumda dozu azaltmak veya suş değiştirmek düşünülebilir. Özet: “herkese uygun” probiyotik yoktur; risk grubundaysanız önce güvenlik değerlendirmesi yapılmalıdır.