Evet, bazı kişilerde özellikle yüksek tek doz alındığında veya mide hassasiyeti varsa kreatin sindirim sistemi şikâyetlerine yol açabilir. En sık görülenler; şişkinlik, gaz, kramp benzeri rahatsızlık ve ishaldir. Çözüm olarak dozun gün içine bölünmesi, yemekle birlikte alınması, daha düşük dozdan başlanması ve yeterli sıvı tüketimi önerilir. İçerik formu ve yardımcı maddeler de toleransı etkileyebilir; aromalı ürünlerde tatlandırıcılar hassasiyeti artırabilir. Şikâyetler sürerse takviyeyi kesmek ve başka nedenleri (gıda intoleransı, enfeksiyon, ilaçlar) değerlendirmek gerekir. Kronik bağırsak hastalığı olanlarda veya çoklu takviye kullananlarda profesyonel planlama daha güvenlidir.