Kuersetin bağırsak konusunda iki başlıkla ele alınır: (1) bağırsak bariyeri ve inflamasyon, (2) mikrobiyota ile karşılıklı etkileşim. Laboratuvar ve hayvan verilerinde kuersetinin bazı inflamatuvar yolları baskılayabildiği, bariyer bütünlüğünü destekleyebildiği gösterilmiştir; ancak insan çalışmalarında etki, hastalığın tipi ve kişinin beslenme düzenine göre değişir. Ayrıca kuersetin, bağırsakta metabolize edilerek farklı türevlere dönüşür; yani “etki eden” bazen kuersetinin kendisi değil metabolitleridir. Pratikte en güçlü bağırsak iyileştirme stratejisi; lif çeşitliliği, yeterli protein, fermente gıdalar ve düzenli uyku–stres yönetimidir. Kuersetin, bu temelin üzerine “hedef odaklı ek” olabilir. İrritabl bağırsak, şişkinlik veya gıda intoleransı olanlarda ise bazı ürünler mide–bağırsak rahatsızlığı yapabilir; düşük dozla başlanması ve yanıtın izlenmesi daha doğru olur.