Sitrat ve glisinat arasındaki temel fark, tolerans ve kullanım hedefidir. Magnezyum sitrat daha “osmotik” etki gösterebildiği için bazı kişilerde bağırsak hareketlerini artırabilir; bu nedenle kabızlık eğilimi olanlarda tercih edilebilir. Magnezyum glisinat ise genellikle daha iyi tolere edilen, daha “nazik” bir form olarak bilinir ve uyku/stres desteği veya hassas bağırsak yapısında daha sık seçilir. Ancak bu kesin bir kural değildir: her bireyin bağırsak hassasiyeti ve yanıtı farklıdır. Seçim yaparken 1) hedefi belirlemek (uyku, kramplar, kabızlık, genel destek), 2) elemental magnezyum üzerinden dozu planlamak, 3) 1–2 hafta düzenli kullanımda tolerans ve faydayı izlemek en doğru yöntemdir. Aşırı yüksek dozlar, hangi form olursa olsun ishal ve mide şikâyeti yapabilir; bu yüzden kademeli artırma güvenlidir.