Pelet sobası dumanı, doğru kurulum ve uygun kullanım koşullarında klasik odun sobalarına kıyasla daha düşük emisyon üretir; ancak tamamen zararsız değildir. Peletler sıkıştırılmış biyokütleden üretildiği için yanma sırasında karbon monoksit (CO), ince partikül maddeler (PM2.5) ve az miktarda uçucu organik bileşikler ortaya çıkabilir. Bu maddeler özellikle kapalı ve iyi havalandırılmayan alanlarda biriktiğinde solunum yollarını tahriş edebilir. Yanma verimi düşük, bacası iyi çekmeyen veya düzenli bakımı yapılmayan pelet sobalarında risk artar. Özellikle astım, KOAH veya kalp-damar hastalığı olan bireylerde uzun süreli dumana maruz kalmak sağlık sorunlarını tetikleyebilir. Bu nedenle CE sertifikalı soba kullanımı, uygun baca sistemi, düzenli bakım ve ortam havalandırması pelet sobası dumanının olası zararlarını en aza indirmek için kritik öneme sahiptir.