Pelet sobaları genel olarak güvenli kabul edilse de bazı teknik ve kullanıcı kaynaklı riskler barındırır. En önemli risk karbon monoksit sızıntısıdır; baca tıkanıklığı, yanlış kurulum veya yetersiz hava akışı durumunda zehirlenme riski ortaya çıkabilir. Elektrik destekli çalışan modellerde elektrik kesintileri sırasında yanma kontrolü bozulabilir. Ayrıca düşük kaliteli pelet kullanımı, kül ve is oluşumunu artırarak hem verimi düşürür hem de baca yangını riskini yükseltir. Düzenli temizlenmeyen sobalarda partikül salınımı artabilir. Yangın güvenliği açısından sobanın yanıcı malzemelerden yeterli mesafede konumlandırılması, üretici talimatlarına uygun kurulum yapılması ve periyodik teknik bakım uygulanması gerekir. Risklerin büyük bölümü doğru sistem tasarımı ve bilinçli kullanım ile yönetilebilir.