Probiyotiğin aç mı tok mu alınacağı, ürün formülasyonuna ve kişisel toleransa göre belirlenir. Bazı kapsüller mide asidine dayanıklı olduğu için aç/tok farkı minimal olabilir; bazı ürünlerde ise öğünle almak canlıların mide asidinden daha iyi geçmesine yardımcı olabilir. Klinik pratikte en iyi kural şudur: **etiket talimatına uyun** ve düzenli kullanım sağlayabileceğiniz zamanı seçin. Eğer aç karnına rahatsızlık oluyorsa tok alın; tok alınca şişkinlik artıyorsa farklı zaman deneyin. Antibiyotik döneminde probiyotik kullanıyorsanız, antibiyotikten birkaç saat ayrı almak genellikle daha mantıklıdır. Önemli olan; “mükemmel zamanlama”dan çok “düzenli kullanım + yeterli süre”dir. 2–4 haftalık denemede yanıt yoksa, sadece zamanlamayı değil suşu da değiştirmek daha etkili olabilir.